Thèse des Fondements Génétiques et du Paysage Moléculaire à la Validation Fonctionnelle des Mécanismes Immunobiologiques dans les Interactions Entre les Escargots et les Trématodes le Cas de la Ré H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Perpignan Via Domitia École doctorale : Energie et Environnement Laboratoire de recherche : Interactions Hôtes-Pathogènes Environnements Direction de la thèse : Benjamin GOURBAL ORCID 0000000320972563 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-07T23:59:59 L'évolution des hôtes et des parasites est étroitement liée : les parasites dépendent des hôtes, tandis que ces derniers doivent faire face à l'infection. Ces dynamiques coévolutives, souvent décrites comme une course aux armements, restent difficiles à prédire en raison de la complexité des interactions impliquant la génétique, la physiologie et l'immunité. Ces facteurs déterminent la résistance ou la susceptibilité et façonnent la spécificité d'hôte. Comprendre les bases génétiques et mécanistiques de la résistance de l'hôte et de l'infectivité du parasite est essentiel, car elles gouvernent la coévolution, la persistance des pathogènes et les dynamiques des maladies. Les conditions environnementales influencent également ces processus en modifiant en permanence la fitness des hôtes et des parasites.

Malgré des avancées, la recherche présente des limites. De nombreuses études reposent sur des modèles théoriques simplifiant la complexité du vivant. Les travaux expérimentaux ne prennent pas toujours en compte la diversité génétique naturelle, les schémas coévolutifs, ni des aspects clés comme la pléiotropie, les compromis évolutifs et leurs effets sur la fitness selon les environnements. En outre, la plupart des études portent sur des systèmes simples impliquant une seule espèce d'hôte et de parasite.

Ce projet vise à combler ces lacunes en étudiant les bases génétiques de la résistance de l'hôte et de l'infectivité du parasite dans un système complexe à multiples hôtes, ainsi que leurs effets sur la fitness. Il ambitionne de mieux comprendre l'évolution des maladies, de prédire les interactions hôte-parasite et de révéler les liens avec d'autres traits via des compromis évolutifs. Il se situe à l'interface de la biologie évolutive, de l'immunobiologie et de l'écologie de la santé, en intégrant des échelles allant des gènes aux phénotypes, en passant par les mécanismes immunitaires et les facteurs environnementaux.

Le système mollusque-trématode constitue un modèle pertinent mais complexe en raison de sa longue histoire coévolutive. Cette recherche explorera comment immunité et virulence influencent la compatibilité, identifiera des marqueurs de résistance et évaluera l'impact des stress environnementaux. Elle s'appuie aussi sur un cas unique de résistance naturelle de l'hôte pouvant conférer une résilience environnementale.

Enfin, ce travail est d'actualité face à l'augmentation de la fasciolose et à la propagation mondiale de P. columella. Il pourrait contribuer au développement de méthodes de contrôle écologiques et enrichir les connaissances en parasitologie, écologie évolutive, physiologie et santé publique. This thesis proposes to investigate host resistance in a snail-trematode system, that of F. hepatica - lymnaeids. It is an intrinsically complex biosystem involving multi-snails/parasite/multi-vertebrate hosts and two dispersion stages, and thus, particular adaptations and less straightforward co-evolutionary dynamics could be expected. There is a strong selective pressure for parasite infectivity as the parasite must either infect or die in the attempt while co-evolutionary dynamics leading to increase or extreme host resistance might become rare. The project proposes to focus on the snail host and to resolve the role of genetics and specificity in determining co-evolutionary dynamics driven by the puzzle of: which are the genetic and functional bases of snail host resistance to a zoonotic trematode parasite ? Within this thesis comparative i) genomics between resistant and susceptible snails will be performed. This will be coupled with integrative multi-omic data analysis of ii) transcriptomics on whole snail, iii) single cell-RNAseq on hemocytes, iv) proteomics on the hemolymph approaches on F. hepatica-exposed resistant and susceptible P. columella acquired previously by the laboratory IHPE. From these, the doctoral student will be able to depict biologically-relevant molecules/pathways associated with each phenotype. Molecular studies will be coupled with vi) functional validation by interference RNA (iRNA) of candidate genes identified to improve discrimination of truly significant genes for F. hepatica response and for the phenotype of resistance/infection.

Ce projet de thèse s'adresse à un doctorant ayant démontré sa capacité à combiner l'expérimentation en laboratoire, notamment en biologie moléculaire, et l'analyse de données moléculaires. La maîtrise d'approches intégratives et interdisciplinaires pour traiter des questions de recherche écologiques complexes constitue un atout supplémentaire.
Le candidat devra être titulaire d'un master en biologie (cycle universitaire de cinq ans) et posséder de solides connaissances théoriques en matière de dynamique évolutive et coévolutive, d'interactions hôte-parasite, d'écologie moléculaire, d'immunobiologie et/ou de parasitologie afin d'étudier des systèmes biologiques complexes à différentes échelles, du niveau moléculaire à celui des populations.
Le candidat devra être capable d'évaluer de manière critique la littérature scientifique et d'interpréter les résultats expérimentaux dans un cadre analytique rigoureux.
Doté d'une grande autonomie, d'une bonne capacité d'adaptation et d'un esprit d'initiative, il devra également aborder les défis de la recherche avec créativité et un sens aigu de la résolution de problèmes. Il devra faire preuve d'une grande rigueur scientifique, d'un souci du détail et d'une gestion efficace de son temps et de ses priorités.